Το Π.Τ.Α. Θεσσαλίας είναι Ν.Π.Ι.Δ. το οποίο διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.) και τον Περιφερειάρχη, ως πρόεδρο του Δ.Σ. Το Δ.Σ. συγκροτείται με απόφαση του Περιφερειάρχη για πενταετή θητεία και αποφασίζει για κάθε θέμα σχετικό με τις αρμοδιότητες του Ταμείου, εκτός από τα θέματα που ανήκουν στην αρμοδιότητα του Προέδρου.

Η οργάνωση και στελέχωση του Π.Τ.Α. Θεσσαλίας καθορίζεται από τον Κανονισμό Προσωπικού του, ο οποίος εγκρίνεται από τον Υπουργό Εσωτερικών, Αποκέντρωσης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης, σύμφωνα με τα οριζόμενα στο αρ.193 του Ν.3852/2010.

Το Ταμείο διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο και τον Πρόεδρο. Το Δ.Σ. συγκροτείται με απόφαση του Περιφερειάρχη για πενταετή θητεία και αποτελείται από:

• τον Περιφερειάρχη ως Πρόεδρο,
• ένα μέλος της Εκτελεστικής Επιτροπής της Περιφέρειας,
• ένα μέλος της Οικονομικής Επιτροπής της Περιφέρειας,
• έναν εκπρόσωπο του πρώτου επιλαχόντος συνδυασμού που υποδεικνύεται από αυτόν,
• δύο εκπροσώπους προερχόμενους από τις εργοδοτικές οργανώσεις και τα οικεία Επιμελητήρια,
• έναν εκπρόσωπο προερχόμενο από τις εργατικές ενώσεις,
• δύο προϊσταμένους υπηρεσιών της Περιφέρειας οριζόμενους από τον Περιφερειάρχη, κατά προτίμηση από την οικεία Διεύθυνση.